Il s'est éteint au Memorial Sloan-Kettering Cancer Center à New York, où il suivait un traitement.
Sa mort a été annoncée dans un communiqué par Paul McCartney et Ringo Starr, les veuves de John Lennon et George Harrison, et la société Apple Corps du groupe. Le communiqué précise que Neil Aspinall va grandement manquer à tous ses amis et proches et que ces derniers conserveront toujours le souvenir "d'un grand homme".

Aspinall avait quitté l'an dernier son poste de directeur d'Apple Corps, gardien des intérêts commerciaux des Beatles.