Ils guerroient longtemps, subissent quelques revers contre les troupes almohades, avant qu'Abou Yahya s'empare de Mekhnès en 1245, et de Fès en 1248. En 1269, Abou Youssef Yacoub s'empare de Marrakech qu'il délaisse au profit de Fès. Il fonde Fès Jdid, " la ville nouvelle " qu'il élève au rang de capitale. Les successeurs d'Abou Youssef, Abou Yacoub, puis Abou Hassan confirment ce choix. Marrakech se déserte alors de ses artisans, savants, artistes et intellectuels qui partent à Fès. Abou Youssef fut un grand monarque et inaugura à Fès les premières médersas, les écoles coraniques destinées à lutter contre le chiisme. De l'époque mérinide date la plus illustre des universités marocaines, la Karaouiyne dont le rayonnement atteignait le cœur de l'Europe. La période mérinide se caractérise par des luttes intestines incessantes dont Marrakech est souvent l'enjeu. En 1349, Abou Inan, fils du sultan et d'une esclave chrétienne convertie, tente de redonner au pays son unité perdue, mais en vain. Il meurt en 1358 sans héritier. Le royaume se morcelle progressivement en deux grandes principautés mérinides : le Nord où règnent de Fès une succession de régents de la tribu Béni-Wattas, avec Abou Salim, Abou Omar, Abd El Aziz… et le Sud où gouvernent de façon peu contraignante une Marrakech, désertée, pillée et devenue cité de second rang, les Hintatas en accord avec les maires Wattassides berbères.

Le soufisme, qui laisse une grande place au culte des saints hommes et à leurs reliques conservées dans des zaouïas : mausolées abritant les restes du saint homme, jouxtant généralement un salle de prière, et installés à proximité de cimetières ou d'écoles coraniques, supplante le malékisme, doctrine officielle mérinide. L'imam El Jazouli, la plus importante personnalité religieuse du pays, confiera à Marrakech ses vingt zaouïas.

A Marrakech qui s'honore de 7 saints patrons choisis 3 siècles plus tard par le cheikh El Youssi, les zaouïas consacrées à Sidi Abd El Aziz, à Sidi Ben Slimane El Jazouli et surtout à Sidi Bel Abbès sont très fréquentées.